《臨床藥物手冊（第五版）》與第四版相比，一是增加了一些已在我國上市或即將上市的新藥，二是對原有部分藥物的應用做了更新和補充，三是增加或改變了某些老藥使用的適應證和方法。這樣的改變依據的是國內外相關的臨床指南，也來自近幾年臨床研究獲得的證據。
《臨床藥物手冊（第五版）》收載臨床各科常用的藥物約2000種。每種藥物均列出其通用名、商品名或別名，便于查閱；依分類、指征和劑量、制劑、藥動學、作用機制、禁忌證、相互作用、不良反應、注意事項、患者用藥指導等項目加以闡述，使讀者可以用最短的時間，了解每種藥物必需的基本和重要信息。
《臨床藥物手冊（第五版）》編寫的特點是：①列出了每種藥物的妊娠分類，有助于指導育齡和妊娠婦女的用藥；②不僅敘述了藥物主要的不良反應，也列出了與其他藥物、食物及其他因素之間可能發生的相互作用，有利于安全用藥；③既闡述了醫師用藥的注意事項，又有患者用藥指導，旨在促進醫患雙方的互動與配合，提高藥物療效和安全性。
《臨床藥物手冊（第五版）》附有中英文藥名索引和9個附錄。附錄的內容包括了小兒用藥特點、老年人合理用藥、SARS和艾滋病治療、麻醉藥和精神藥品有關規定等，可供讀者查閱。
第一章 抗微生物藥
第二章 抗腫瘤藥
第三章 免疫抑制劑及免疫調節劑
第四章 抗寄生蟲藥
第五章 中樞神經系統藥
第六章 心血管系統藥
第七章 呼吸系統藥
第八章 消化系統藥
第九章 血液及造血系統藥
第十章 泌尿系統藥
第十一章 抗過敏藥
第十二章 內分泌系統藥
第十三章 代謝病用藥
第十四章 糾正水、電解質、酸堿平衡紊亂藥，血容量擴張藥和營養藥
第十五章 維生素類藥
第十六章 生物制品
第十七章 特殊解毒藥
第十八章 診斷用藥
第十九章 核醫學科用藥
第二十章 外科用藥
第二十一章 麻醉科用藥
第二十二章 婦產科用藥
第二十三章 眼科用藥
第二十四章 耳鼻咽喉科用藥
第二十五章 皮膚科用藥
第二十六章 口腔科用藥
附錄
